Hra Project Orbitus sa odohráva v 24 storočí. Ľudstvo začalo s doteraz najväčšou mimozemskou expedíciou, s cieľom rozšíriť hranice pozemskej civilizácie a postupne kolonizovať miesta vo vesmíre vhodné na život.
Celá táto expedícia bola nazvaná Project Orbitus - vkročiť ľudskou nohou za orbity planét, asteroidov či doteraz nepreskúmaných častí vesmíru.
S expedíciou začala samozvaná pozemská frakcia Impérium. Tej sa ako prvej podarilo spracovať vzácne plyny planét slnečnej sústavy na vysoko výkonné palivo, ktoré umožňuje Imperiálnym lodiam rýchly a efektívny presun vesmírom a pokračovať tak v kolonizácií ďalších planét.
Ľuďom zo zeme tak ponúkli možnosť vycestovať na novo obsadené planéty či kolónie s možnosťou pracovať na výskumoch hornín, rastlín či plynov, ktoré dovtedy žiadne ľudské oko neprebádalo.
Po približne 50 rokoch kolonizovania sa však situácia postupne začala obracať. Ľudia z planéty Zem spolu s ich rodinami, začali byť v kolóniách nedobrovoľne využívaní na ťažby hornín, zber surovín, či iné fyzické a náročné práce Impéria. Vedenie Impéria si však tieto činy neplánuje pripustiť a všetky tieto aktivity aj naďalej prezentuje ako jedinú šancu pre ľudstvo posunúť sa za hranice vesmíru.
Rokmi ponižovania a zneužívania vznikli v kolóniách malé vzbúrenecké skupiny, ktorých cieľom bolo položiť režim Impéria a naspäť nasadiť do vesmíru systém, kde si budú všetci ľudia rovní - bez ohľadu na to, z akej planéty pochádzajú. Reakcia Impéria voči týmto skupinám bola ale rýchla. Na kolóniách Impérium umiestnilo strážnikov, či dozorcov Imperiálnych jednotiek, ktoré prípadné konflikty riešili použitím zbraní a násilia.
Ľudstvo sa tak časom rozdeľuje na dve veľké skupiny - podporovateľov Impéria stojacich za tým, že jediným kto môže ľudskú civilizáciu posunúť vpred, sú Imperialisti. Impérium má k dispozícií tie najlepšie a najnovšie technológie v oblasti zbraní, lodí, vesmírnych staníc, prieskumov na planétach či ťažbe surovín.
Prezentujú sa čistým bielym a lesklým oblečením, ktoré v prípade vyšších hodností skrášľujú farebné označenia na pravom ramene. Vojaci sú ozbrojený strelnými zbraňami primárne na krátku či strednú vzdialenosť a ľahkým krytím v podobe nepriestrelných viest a chráničov na rukách a nohách.
Na opačnej strane stoja desiatky veľkých aj malých vzbúreneckých skupín. Impérium takýchto vzbúrencov označilo ako Rebelov - každého, kto sa k tejto skupine prihlási, je na mieste zväčša zneškodnený. Výbava Rebelov je veľmi slabá, občas sa však ale Rebelom podarí z bojov získať dobrý úlovok v podobe zbraní či lodí.
Tie sú následne najčastejšie použité na útoky či prepady strategických Imperiálnych pozícií vo vesmíre - miesta, kde Rebeli dokážu zachrániť ďalších vzbúrencov, získať pre jednotky potravu, či vzácne suroviny na fungovanie kolónií.
Samotná hra sa odohráva v začiatkoch vzbúrenia. Hráč je pomocou tutoriálu zatiahnutý do prvého hromadného vojenského konfliktu medzi Impériom a Rebelmi, je nútený usadiť sa na novej planéte a vybudovať si tak vlastnu kolóniu.
Postupne je pomocou úloh, questov, či eventov zatiahnutý medzi obe bojujúce frakcie, kde jeho rozhodnutia majú vplyv na samotný obsah a vývoj hry pre daného hráča.